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| ベーチェット病 | 多発性硬化症 | 重症筋無力症 |
| 全身性エリテマトーデス | スモン | 再生不良性貧血 |
| サルコイドーシス | 筋萎縮性側索硬化症 | 強皮症,皮膚筋炎及び多発性筋炎 |
| 特発性血小板減少性紫斑病 | 結節性動脈周囲炎 1.結節性多発動脈炎 2.顕微鏡的多発血管炎 |
潰瘍性大腸炎 |
| 大動脈炎症候群 | ビュルガー病(バージャー病) | 天疱瘡 |
| 脊髄小脳変性症 | クローン病 | 難治性の肝炎のうち劇症肝炎 |
| 悪性関節リウマチ | パーキンソン病関連疾患 1.進行性核上性麻痺 2.大脳皮質基底核変性症 3.パーキンソン病 |
アミロイドージス |
| 後縦靱帯骨化症 | ハンチントン病 | モヤモヤ病(ウィリス動脈輪閉塞症) |
| ウェゲナー肉芽腫症 | 特発性拡張型(うっ血型)心筋症 | 多系統萎縮症 1.線状体黒質変性症 2.オリーブ橋小脳萎縮症 3.シャイ・ドレーガー症候群 |
| 表皮水疱症 | 膿疱性乾癬 | 広範脊柱管狭窄症 |
| 原発性胆汁性肝硬変 | 重症急性膵炎 | 特発性大腿骨頭壊死症 |
| 混合性結合組織病 | 原発性免疫不全症候群 | 特発性間質性肺炎 |
| 網膜色素変性症 | プリオン病 1.クロイツフェルト・ヤコブ病 2.ゲルストマン・ストロイスラー・シャインカー病 3.致死性家族性不眠症 |
肺動脈性肺高血圧症 |
| 神経線維腫症 I 型 神経線維腫症 II 型 |
亜急性硬化性全脳炎 | バット・キアリ症候群 |
| 慢性血栓塞栓性肺高血圧症 | ライソゾーム病 1.ライソゾーム病 2.ファブリー病 |
副腎白質ジストロフィー |
| 家族性高コレステロール血症(ホモ接合体) | 脊髄性筋委縮症 | 球脊髄性筋委縮症 |
| 慢性炎症性脱髄性多発神経炎 | 肥大型心筋症 | 拘束型心筋症 |
| ミトコンドリア病 | リンパ脈管筋腫症(LAM) | 重症多形滲出性紅斑(急性期) |
| 黄色靱帯骨化症 | 間脳下垂体機能障害 (PRL分泌異常症、ゴナドトロピン分泌異常症、ADH分泌異常症、下垂体性TSH分泌異常症、クッシング病、先端巨大症、下垂体機能低下症) |
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| 悪性新生物 | 慢性腎疾患 | 慢性呼吸器疾患 | 慢性心疾患 |
| 内分泌疾患 | 膠原病 | 糖尿病 | 先天性代謝異常 |
| 血友病等血液・免疫疾患 | 神経・筋疾患 | 慢性消化器疾患 |
| 先天性股関節脱臼 | 脳性まひ | 斜視 |
| 眼瞼下垂症 | 慢性中耳炎 | 口蓋裂 |
| 心室中隔欠損 | 心房中隔欠損 | 二分脊椎 |
| 鎖肛 |
| 視覚障害 | 聴覚または平衡機能障害 | 内部障害 (心臓・腎臓・呼吸器・膀胱・または直腸・小腸機能障害) |
| ヒト免疫機能障害 | 音声言語または そしゃく機能障害 |
| 視覚障害 | 網膜剥離術 角膜移植術等 |
| 聴覚・平衡機能障害 | 鼓膜剥離術 外耳道形成術等 |
| 音声・言語・そしゃく機能障害 | 歯科矯正術等 |
| 中枢神経関係 | 脳シャント 脊椎形成術 |
| 心臓機能障害 | 人工弁置換 ペースメーカー埋め込み術等 |
| 腎臓機能障害 | 人工透析 腎移植術 |
| 小腸機能障害 | 中心静脈栄養 |
| 免疫機能障害 | 抗HIV療法 免疫調節療法等 |
| 感染症予防・医療法に基づく公費負担 | 結核 |
| 入院助産 | お産(非課税の方等) |
| 県ひとり親家庭医療費助成 | ひとり親の家庭 |